Vụ xe biển xanh

Năm 2010, dư luận ở Hà Tĩnh cho rằng Nguyễn Nhật, Tổng giám đốc Tổng Công ty Khoáng sản và Thương mại Hà Tĩnh (MITRACO) đi xe biển xanh Camry 3.0 V6 38A - 7777 sau khi tổng công ty này đã cổ phần hoá, thoái vốn nhà nước là trái quy định. Xe này vốn là xe của Võ Kim Cự sử dụng lúc làm Tổng giám đốc MITRACO. Sau đó khi Võ Kim Cự được thăng chức Phó Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh Hà Tĩnh thì chuyển giao xe lại cho Nguyễn Nhật. Các xe ô tô mang biển kiểm soát xanh mà MITRACO lúc đó đang "tự ý" sử dụng gồm xe ô tô Camry 3.0 V6 38A - 7777, Camry 2.4 38A - 7788, Camry 2.4 38A - 7787 và Camry 38A - 6886. Tuy nhiên, theo lời Nguyễn Thanh Bảo, Trưởng phòng Cảnh sát giao thông tỉnh Hà Tĩnh thì việc giao xe biển số xanh cho ông Nhật sử dụng là hoàn toàn có cơ sở và đúng pháp luật vì Nguyễn Nhật lúc đó đang là Đại biểu Quốc hội Việt Nam khóa XIII (2007-2011) thuộc đoàn đại biểu tỉnh Hà Tĩnh.[13]

Vụ BOT Cai Lậy

Ngày 25 tháng 9 năm 2019, Thủ tướng Chính phủ Việt Nam Nguyễn Xuân Phúc kí quyết định sô 1248/QĐ-TTg thi hành kỉ luật Nguyễn Nhật, Thứ trưởng Bộ Giao thông vận tải, với hình thức Khiển trách do "đã có vi phạm, khuyết điểm trong công tác và Ủy ban Kiểm tra Trung ương đã thi hành kỷ luật về Đảng" (Đảng Cộng sản Việt Nam).[14]